Tổ chức quốc gia có tổng hành dinh trung tâm tại Thành phố New York với ban nhân sự 400 người. Tổ chức được lãnh đạo bởi một viên chức hành chánh trưởng và một Ban Giám đốc Quốc gia có 40 thành viên. Kathy Cloninger là Hành chánh trưởng từ năm 2003; Chủ tịch của Ban Giám đốc Quốc gia, vị trí thiện nguyện cao cấp nhất là Patricia Diaz Dennis.

Đến năm 2006, dưới tổ chức quốc gia có 312 châu Nữ Hướng đạo bao gồm 236.000 đơn vị cấp đoàn và liên đoàn khác. Ngày 26 tháng 8 năm 2006, Ban Giám đốc Quốc gia quyết định tái tổ chức 312 "châu" thành 109 châu.[21] Một số châu có và điều hành các trại cho các đoàn trong vùng trách nhiệm của mình. Các châu thường được chia thành các khu vực gọi là Neighborhoods (Khu Phố), Service Units (Đơn vị Phục vụ), Associations (Hội). Đây là những khu vực áp dụng chương trình mà bao gồm các đơn vị cấp đoàn ở mọi lứa tuổi trong một khu vực nhỏ, thí dụ như một thị trấn (town).

Đơn vị cơ bản là đoàn có hoặc không được bảo trợ. Ngược lại với các người bảo trợ cho Hội Nam Hướng đạo Mỹ, người bảo trợ Nữ đoàn Hướng đạo không làm chủ đoàn. Các đoàn lớn nhỏ có nhiều mức độ từ đoàn nhỏ khoảng 6 đến 30 hoặc hơn và có thể được chia thành các đội khoảng 8 nữ hoặc ít hơn. Mỗi đoàn phải có hai phụ nữ không có quan hệ gia đình làm huynh trưởng. Đàn ông có thể làm đoàn trưởng nhưng cũng phải có hai phụ nữ không quan hệ gia đình làm huynh trưởng để duy trì kiểu mẫu vai trò của phụ nữ.[22]